A falu a középkortól kezdve folyamatosan lakott, a tatárjárás idején a Kartal nemzetség birtokolta, később a Bodoni család birtoka lett. Rövid ideig (1264–1276) a Margitszigeti apácák is birtokolták, később ismét a Bodoni családhoz került. 1516–1541 között Werbőczi István volt a birtokosa. Két ízben, összesen 113 évig török hódoltság alá tartozott, ekkor el is néptelenedett. Mindkét alkalommal a felvidékről, evangélikus szlovákokkal telepítették újra. 1710-ben a falu határában zajlott le a romhányi csata.
A 17. században Bodony falu közelében kialakult kis települést Felső-Bodonynak nevezték, maga Bodony pedig Alsó-Bodony lett. Kétbodony e két falu egyesítéséből jött létre 1902–1903-ban. 1982 és 1993 között Romhánnyal is egyesítették, de 1994. január 1. óta ismét önálló település.